La ciudad fue fundada en 1542, pero no fue hasta el 8 de marzo de 1826 que se le otorgó propiamente el título de ciudad, en el año de 1926 fue declarado monumento histórico por el gobierno mexicano, desde entonces el desarrollo del distrito histórico está restringido para conservar el carácter colonial del pueblo.

En el 2002 se declaró pueblo mágico, título que se le fue retirado 6 años después debido a que el 7 de julio del 2008 fue inscrita por al UNESCO como patrimonio cultural de la humanidad bajo el nombre de Villa Protectora de San Miguel y Santuario de Jesús Nazareno de Atotonilco. La distinción se otorgó por el aporte cultural y arquitectónico al barroco mexicano y su importancia en la lucha de independencia de México.

En los años 2017 y 2018 fue nombrada por la revista Travel+Leisure como la mejor ciudad del mundo por su calidad en el servicio, amabilidad, gastronomía, limpieza, experiencia en compras y movilidad además de su gran aportación cultural, belleza arquitectónica y lugares de diversión, siendo la única ciudad de América latina que ha logrado ser la número uno por dos años consecutivos.